Обь-Енисейский канал (также называемый Кеть-Касским каналом) с входящими в его систему речками существовал в конце XIX века в пределах нынешних Томской области и Красноярского края, и служил соединительным звеном бассейнов рек Оби и Енисея.

Яя— река в Кемеровской и Томской областях, левый приток Чулыма (бассейн Оби).

Длина — 319 км, площадь бассейна — 11 580 км?. Исток находится к востоку от поселка Яшкино (Кемеровская область). Питание снеговое. Ледостав с начала ноября по апрель. Судоходна на протяжении 114 км от устья.

На реке Яя расположен одноимённый посёлок Яя.

Ушайка — река в Томской области, правый приток Томи. Длина 78 км, из них в пределах г. Томска — 10 км.

Ушайка берёт начало в северных отрогах Кузнецкого Алатау, в районе остановочной площадки 41 км Томской ветви Транссиба, между деревнями Басандайка и Межениновка.

Населённые пункты на реке — Смена, Аркашево, Большое Протопопово, Малое Протопопово, Мирный, районы Томска — Заварзино, Степановка.

Притоки — Берёзовая (правый), река без названия (правый), Чернова (левый), Асламовка (левый), Бобровка (левый), Каменка (левый), Малая Ушайка (правый).

Малая Киргизка — река в Томском районе и г. Томске, левый приток реки Большая Киргизка. Левые притоки: руч. Торговый, руч. Северный, руч. Садовый, длиной около 2 км, текущих с юга от ул. Иркутский Тракт.

Населённые пункты: Киргизка, Томск.

Малая Киргизка протекает в северной части Томска, отделяя от его основной застройки микрорайоны Сосновый бор и посёлок Свечной. Через реку есть мосты по улицам Смирнова и 2-я Усть-Киргизка. Всего есть шесть улиц с названиями от 1-й Усть-Киргизки до 6-й. После моста по 2-я Усть-Киргизке река поворачивает на север и идёт вдоль улицы Мостовой, к востоку от неё.

Сенная Курья — длинное узкое озеро в Томске на левой стороне Томи, южнее Коммунального моста через Томь, памятник природы.