Малое Протопопово — деревня в Томском районе, входит в Мирненское сельское поселение.
Население 54 человека.
Малое Протопопово расположено на берегу реки Ушайки, в 1,7 км от центра сельского поселения посёлка Мирный.
Добраться до деревни можно на автобусе № 210 (ОКБ — садоводческое общество «Весна» — Трубачёво — Мирный — Малое Протопопово — Большое Протопопово — Межениновка).
Улицы: Заречная, Лесная, Луговая.