Удивительна история территории, на которой стоит город. Люди обосновались здесь более 16 тысяч лет назад, а 4 тысячи лет назад именно на месте нынешнего Северска был создан древнейший центр металлургического производства.
В 1949 году Совет Министров СССР принял постановление № 1252–443 о создании вблизи города Томска комбината по производству высокообогащенного урана-235 и плутония. Строительство Северска началось одновременно с возведением заводов Сибирского химического комбината.
Статус города Северск получил в 1954 году. В марте 1997 года, согласно Указу Президента РФ, было образовано закрытое административно-территориальное образование (ЗАТО), в состав которого вошли город Северск, поселки Самусь, Орловка, деревни Чернильщиково, Кижирово и Семиозерки.